在以西方文明发展史为主轴的世界中，良渚文化能够突显中国史前文明发展进程中的若干特殊性。
首先，在新石器末期，各地区纷纷迈入城市文明进程，但是东亚地区此时尚无文字系统与冶铜技术，良渚所在的环太湖地区成为这其中发展最早且物质文化成就最高的代表——东亚早期城市文明的兴起，有助于我们反思和评价由西方研究所得出的早期文明和国家起源理论。其次，就目前所见，只有良渚文化是以单一水稻经济作为支撑的早期文明，因此，它成为了理解稻作文明特质的最重要途径。最后，中国文化传统中缺乏西方纪念碑式的建筑和艺术形式，而“藏礼于器”这种通过特定物质载体来表达、实践观念与秩序的方式，早在青铜礼器出现之前便已在良渚文化的玉器及其使用上初见端倪。因此良渚古城申遗成功，无疑对于世界认识中国、理解中国具有非常深远的作用和影响。
五千年前的良渚古城，是当时长江流域、中国境内乃至整个东亚地区规模最大、年代最早、功能最复杂完整的城市文明。在世界文化遗产的“突出普遍价值”中，良渚古城遗址符合第三、第四两条标准：（iii）能为现存的或已消逝的文明或文化传统提供独特的或至少是特殊的见证；（iv）在特定阶段或人类历史上，是某类建筑、建筑技术或景观的卓越典范。
具体说来，除了《良渚的故事》中所述良渚古城、良渚古玉本身的历史价值和学术意义以外，良渚古城遗址的遗产价值更要从全人类文化遗产的层面上得到体现、表达和保护。
第一，保存状况的脆弱性。由于各类文化遗产保存状况不同，在人口密度高、耕地面积大、经济发展快速的当今中国，考古遗址尤其具有脆弱性。不同于世界其他地区石材为主的纪念碑性的物质文化遗产，良渚遗址所代表的、强调非纪念碑性的礼制和社会秩序、以地下土遗址为主的史前文明，需要得到额外重视和保护。
第二，城市景观的完整性。经过一代代 考 古学家的发掘和研究，良渚古城作为早期城市的典范，是政治、经济、宗教等各类功能的综合体。良渚古城内多重结构的布局，至少分三到四个等级的墓地及严格的葬玉制度，莫角山土台及公共建筑，体现出一个早期国家都城的政治景观；古城周边的多重水坝系统，城内外多处手工业作坊，莫角山土台周围的粮食储存等遗留，以及居址中日用陶器生产及墓葬中玉器生产体系的专门化，共同体现出一个全面的经济景观；而玉器、陶器、漆器等不同材质上表现的早期信仰及瑶山祭坛这样的仪式中心，共同展现了良渚古城的宗教景观。
第三，生态环境的特殊性。同其他典型的大河文明不同，良渚古城更像是一个湿地文明。在湖网河流环境中，通过人为干预对水资源进行管理，来建立该城市交通体系的城市规划模式；在生业经济中，可以看到以稻作和淡水鱼类为主的湿地经济特色。因此可以称为是“东方史前的威尼斯”。
第四，水稻经济的重要性。良渚古城是目前世界文化遗产名录中唯一在稻作农业基础上发展出来的早期城市文明。水稻、小麦和玉米是当今世界的三大作物，对当今粮食经济影响深远，全世界有一半人口食用水稻；水稻产量仅次于玉米为世界第二。西亚麦作经济基础上发展起来了两河流域文明、埃及文明、印度文明，中南美洲玉米农业基础上发展起来了奥尔梅克、玛雅和早期安第斯文明，作为稻作起源地发展起来的最早的城市文明，良渚古城对人类文明发展史有着同样重要的意义，理应同上述古文明并立。
