沪港通开通日期落定，各券商开户数不同，对港股通的佣金落差也很大。“证监会规定沪港通交易佣金不得低于服务成本，所以各券商收取标准不同。”一位沪上券商运营部负责人说。目前沪港通券商佣金上限为成交金额的千分之三，下限为成交金额的万分之三。且最低收取标准也不同，境内券商有的参考境内A股标准最低收取5元人民币，有的参考港股标准最低收取100元港币。
内地券商
港股通佣金落差大
目前，香港股票交易佣金一般在0.1％至0.25％之间，网上下单佣金低于电话交易，佣金随交易金额的增加而下调，券商一般低于银行，多数设有单笔交易最低佣金。国泰君安表示，沪港通实际佣金由交易资金量、成交量以及营业部成本决定，上限是不超过成交额的千分之三。
招商证券负责人称，“目前以老客户为主，佣金最低千分之一。”不过，也有几家券商人士不肯透露公司港股通佣金标准，只是表示营业部不同、投资者情况不同，佣金也不一样。
需要注意的是，沪港通的交易佣金和普通A股不同:港股通的交易佣金一般为扣除交易所各项费用之外的净佣金；普通A股佣金为包含代收代缴的交易所费用的佣金。“我们各地分公司收取的沪港通佣金标准有区别。”一家上市大券商负责人称，“一般是不超过千分之二，资金量大的可以适当降低，最低为万分之八。”另一家大券商上海分公司人士则告诉记者，公司最低佣金率可达到万分之三，一般客户净佣金率为千分之一点五。
香港券商
靠免佣金拉客户
与内地券商佣金暗战相比，香港不少银行券商的佣金战高调得多。
11月10日宣布开通当天，中银香港即公布即日起至今年12月31日的多项优惠措施，包括新开立的投资账户可豁免首3个月买入A股及港股的经纪佣金，通过指定渠道以港币兑换人民币可享高达30点的优惠等。
恒生银行也宣布，自今年11月17日至2015年3月31日，推出无限次豁免买卖沪港通股票的经纪佣金。香港本地券商耀才证券也针对沪港通推出优惠，对通过沪港通买卖A股的香港客户及买卖港股的内地客户，均提供首6个月免佣金的优惠，此后佣金费率一律为0.01％。
在香港，监管机构对券商的佣金收费并没有做统一规定。自从2003年香港取消交易佣金0.25％的统一征收标准及单笔最低100港元的限制后，券商、银行间常爆发佣金战。一般的港股交易，佣金较低的耀才证券，网上交易佣金为交易金额的0.0668％或最低50港币，二者取较高者；交易金额越高，佣金越低，每月交易金额超过5亿港元，佣金费率则最低可降至0.01％。耀才证券内地客户买卖A股可享前三年免佣金，其中第一年零佣金，后两年先收后返；香港客户买卖港股首6个月免佣，免佣期后，佣金费率均为0.01％。
