明朝从建立开始就有了锦衣卫这个机构。洪武十五年正式设立之后，它从宫廷护卫的任务慢慢转到直接抓捕和审讯的范围。早期在一些涉及谋反的案件里，锦衣卫按照指令开展调查，把相关人员押解到指定地方处理。朱元璋晚年一度限制了部分权力，刑具也被集中销毁。等到朱棣登基，机构重新运作起来，抓捕行动继续在京城和外地展开，同时东厂设立后双方在事务上既有配合也有争斗。明朝中后期太监势力增强，锦衣卫在处理事情时常常听从东厂的安排，参与对一些官员的审讯和用刑。职位通过银钱交易的情况越来越多，人员来源变得混杂，实际执行任务的能力逐步减弱。

到了崇祯十七年三月十九日，李自成军队攻入北京城，崇祯皇帝在煤山结束性命。这时候锦衣卫的大部分成员没有组织起有效的防御行动。最后一任指挥使骆养性当时在城内被抓获，投降了大顺军。后来清军入关进入北京，他又率领部下投降清朝。顺治元年六月，多尔衮任命他负责天津等处的军务，他到任后收集船只招抚地方，还请求免除明末的一些加派税赋，只按正额和火耗收取，获得批准。之后因为擅自接待南明弘光帝的使臣左懋第，他被革去总督职位，保留太子太傅和左都督的虚衔，闲住一段时间，顺治六年被降为浙江掌印都司，同年在浙江去世。
城破前后还有少数锦衣卫成员采取了抵抗的做法。指挥同知李若琏守在崇文门，城陷后自尽身亡。都指挥王国兴在兵败后自 焚，百户王守林自缢，千户高文采一家在宣武门守卫时全部自杀。这些行动发生在李自成军队推进的过程中，但人数在整体中占很小比例。堂上指挥王鹏翀和乔可用等人在城破后也投降了大顺军，后来清军到来时他们同样归附新政权，并在清朝任职。

剩下的大量锦衣卫人员在京城陷入混乱时选择了分散。有的脱下原有服装，烧毁身份记录，混入逃散的百姓队伍中，转为普通人生活。部分人员跟随南明政权南下，继续在南方小朝廷里担任类似职务。马吉翔在隆武时期因为拥戴功劳升为锦衣卫都督佥事，永历帝登基后又升任指挥使，一路跟随朝廷从肇庆到昆明，再到缅甸。永历十五年七月，在缅甸发生的咒水之难中，他和沐天波等官员一起被杀。南明政权覆灭后，这些跟随的人员有的在战斗中死去，有的隐姓埋名彻底消失在民间。

清朝入关后对明朝的官僚机构进行收编，锦衣卫的名称保留了一段时间，但职能只限于皇帝的仪仗护卫，不再负责侦查和监狱事务。顺治二年左右，机构正式改名为銮仪卫，原来的抓捕审讯权力被取消。这个变化标志着锦衣卫作为明朝特有组织的结束。整个过程显示出明朝后期这个机构已经从早期直接听命皇帝的状态，转为在权力斗争中逐渐失去凝聚力，到王朝更替时成员根据各自处境做出不同选择，大部分人保全自身，少数人坚持到最后，整体在历史中就此散去。
从洪武时期到崇祯末年，锦衣卫参与的抓捕和审讯行动一直存在，但中后期人员组成的变化让实际执行力减弱。1644年北京城破前后，大顺军推进时没有遇到锦衣卫成建制的阻挡。骆养性投降后清军进入北京，他再次归附并获得任命，之后在天津任上稳定地方事务，但很快因接待南明使臣的事被罢职，降调浙江后去世。抵抗的例子集中在少数中层人员身上，李若琏在崇文门的行动后自尽，其他如王国兴的自 焚也发生在同一时期。分散的人员中有的直接转为平民，有的南下加入南明，马吉翔的经历从隆武到永历一直延续到1661年在缅甸的结局。