妙玉既然进了贾府，又入了金陵十二钗，那已经说明她与贾府有着千丝万缕的联系，也不能说不相干。《红楼梦》写得是关于贾府的故事，金陵十二钗正册的人物都与贾府有着密切的关系。
金陵十二钗:林黛玉、薛宝钗、贾元春、贾探春、史湘云、妙玉、贾迎春、贾惜春、王熙凤、贾巧姐、李纨、秦可卿。
从十二钗正册看，入选的女子可分为四类，一类为贾姓女子：包括四春，贾元春、贾探春、贾迎春、贾惜春，还有贾巧姐。第二类为贾府的媳妇：包括王熙凤、李纨、秦可卿。第三类为贾府的外姓亲戚：林黛玉、薛宝钗、史湘云。第四类为与贾府产生依附关系：妙玉
首先可以肯定的一点是，十二钗正册的排位是以贾宝玉为中心的，以此为前提，我们可以总结金陵十二钗的排位特点：

第一，入选正册都是书中的主要人物，红学家俞伯平认为，曹雪芹写《红楼梦》的一个原因，就是要为十二钗作传。正如《水浒传》中的一百零八将一样，谁的分量重谁就排前位。十二钗的排位明显与贾宝玉的血缘，姻缘相关。林薛二人与贾宝玉都有缘，一个是木石同盟，一个是金玉姻缘。贾元春、贾探春血缘关系亲近，一个是胞姐，一个是同父异母的妹妹。史湘云身上有“因麒麟伏白首双星”，她有个金麒麟，从某种角度上说，也符合金玉姻缘一说，地位上贾王史薛四大家族成员之一，红学家们争论的史湘云结局也在于此。
妙玉身入佛门，自称槛外人，但六根不净。这也是她身上有争议的一点，也正因为她身在佛门，不可能与贾宝玉产生俗缘，她身上也没有金也没有玉，也没有神话传说，所以也不存在仙缘。但贾宝玉的结局却是与她相同，同成佛门中人，这样他们之间也搭建起了共同桥梁，那就是共有的佛缘。
妙玉之后的人员排位与贾宝玉没有重要的姻和缘，血缘关系也渐疏。所以，从血缘和姻缘的角度上来看，妙玉的位置不能在后了，只能排第六位。

第二，以贾宝玉为中心，十二钗排位顺序与对贾宝玉的影响力大小相关。与贾宝玉联系越紧密，对他影响力越大的人，排位越靠前。也就是说贾宝玉越看重的人，排位越靠前。换个说法，贾宝玉看重的人，也就是作者本人看重的人。
从入选的十二位正册大名单中，林薛占了前两席，她们二人与贾宝玉的联系最为紧密，影响力最大，直接关系到贾宝玉的人生走向，也是整个故事的灵魂人物。贾元春的地位与贾府的兴衰密切相关，可以说她是贾府的一个风向标。贾宝玉作为贾府看重的继承人，贾元春除了姐姐的身份，皇妃的身份对他更重要。
贾探春、史湘云二人，贾探春是作者花大手笔刻画的一个人物形象，史湘云也是如此。所以，在书中与贾宝玉的交集也很多，二人同贾宝玉的关系也相当要好。

再到妙玉，她在书中出场次数不多，但是对贾宝玉的影响力不小。作者特写了她与贾宝玉交集的三件事：吃茶，折红梅和生日贴。通过这三件事体现了二人在性灵上的相通，也只有贾宝玉能读懂妙玉的世界，他们二人的关系看似交集不多，但贾宝玉在心里是很看重妙玉。
以妙玉为一个节点，妙玉之后的六位对贾宝玉产生的影响力逐渐减弱。所以，从对贾宝玉影响力的角度上说，这也是妙玉排第六的原因。
第三，以金陵人士与非金陵人士划分则分成两派，黛玉和妙玉同是姑苏人，其余都是金陵人士，薛宝钗身上的金玉姻缘，最终也是归金陵人士。之所以有两位姑苏人士，一是作者对姑苏的情怀，二是贾宝玉对姑苏林黛玉的情有独钟。
作者对姑苏这个地方可以说是情有独钟，姑苏就是古时的苏州，曹雪芹祖父曹寅曾做过苏州织造，曹寅的大舅子李煦也做过苏州织造。曹家做江宁织造也有几十年，在江南地带生活了很多年。江南水乡之地，才子佳人云集。这大概是作者对姑苏执迷的原因之一。

书里的姑苏女子有四位，林黛玉，妙玉，甄英莲（香菱），邢岫烟。这四个人都有联系，香菱是林黛玉的徒弟，半师之分，妙玉是邢岫烟的老师，也有半师之分。妙玉和林黛玉，二人身上还有很多的相似之处。气质相似，才华相似，身世相似，且都是自小多病，都遇到了和尚的劝慰，劝其入空门。最大的不同之处，就是一个听了和尚的话，入了空门，一个没听，依旧在红尘中。通过作者的刻意描写，妙玉与林黛玉产生了千丝万缕的联系，依据红学中“分身”的说法，可以说妙玉就是林黛玉的佛中分身。
这样一来，妙玉自然也是贾宝玉心中“情有独衷”的人。因此，以贾宝玉为中心的十二钗正册，林黛玉和妙玉是必须要上榜单的。林黛玉排第一，妙玉至少该排在第三位，鉴于妙玉出身地位与贾元春，史湘云的差异，排在她们二人之后。贾探春虽然是庶出，可是作者都是按照她是“嫡出”的身份来写的，庶出对她的影响很小，最终她也成了王妃。
所以，从姑苏情缘的角度来看，妙玉排第六位较为靠前也合情合理。