疑经之风在北宋前就已悄然吹起。朱维铮的《中国经学史十讲》认为其源于唐宋之际的经学革新运动，而张富祥的《宋代文献学研究》则认为文献学意义上的疑古辨伪萌芽于先秦时期，但真正形成一种思潮还是在两宋时期。尽管疑经思想滥觞于赵宋之前，但尚未波及《周易》和《诗经》，自从宋代文坛领袖欧阳修《易童子问》否定孔子作《易传》之后，这一风气，在宋代文人笔记中就多有体现。欧阳修又著《诗本义》，力求摆脱汉唐章句训诂的束缚，形成“求诗人之意，达圣人之志者，经师之本也”和“讲太师之职，因失其传而妄自为之说者，经师之末也”的“诗本末”论（《诗本义》卷十四《本末论》），“本末”从此成为重要的诗论范畴，《诗本义》也促进了宋代诗学的变革和发展。宋代学者的怀疑精神，对包括易学、诗学在内的整个宋代学术的治学理路、学术体系的架构等产生了深远影响。
关于《周易》的作者，司马迁的伏羲画卦、文王重卦、孔子作传之说在唐初孔颖达等人编撰《五经正义》前几成定论，然此说在疑经盛行的两宋时期饱受质疑和挑战。欧阳修之后，很多学者对《易传》诸篇与孔子的关系进行了种种论断。有的肯定孔子作《说卦传》，如宋祁在《宋景文笔记·卷中》说“孔子叙乾为玉、为金，坤为牛、为舆之类，本释他卦所引，非徒言也”；有的主张孔子作《系辞传》，其余篇章乃孔子后学集其训解而成，如两宋之际王观国的《学林》主张孔子作《系辞传》，并认为《文言传》与《论语》一样皆由其门人弟子汇集成书，《文言传》与《系辞传》之所以含有“子曰”二字，是因为孔子曾做过训解，后由弟子记录下来；有的则彻底否定孔子作《易传》之说，仅认为其“述”《彖》《象》二传，如南宋叶适《习学记言序目·卷三》载“言‘孔氏为之《彖》《象》《系辞》《文言》《序卦》之属’，亦无明据”，“所谓《彖》《象》《系辞》作于孔氏者，亦未敢从也”，等等，不一而足。从而掀起了一股怀疑之风，一些学者在对孔子作《易传》之说否认的基础上进而对《周易》古经的作者亦有所疑，并自标新说。有的认为周公和孔子作卦爻辞，如王观国《学林》认为，如果按照伏羲画卦、文王重卦说，文王则为爻辞的作者，但文王之时箕子尚未明夷，因此文王无法预言箕子明夷之事，所以其批评颜师古之注《汉书》，不明此处文王作爻辞与箕子明夷之间的矛盾，提出卦爻辞为周公、孔子所作说；有的认为画卦重卦之人为伏羲、文王作卦辞、周公作爻辞，如南宋王应麟在《困学纪闻·卷一》中认为《周易》伏羲之时仅有卦画，至文王始有文字，即画卦重卦之人为伏羲，否认文王重卦，主张文王作卦辞，在此书卷二中认为周公作爻辞；有的则彻底否认伏羲画卦、文王重卦说，如叶适在《习学记言序目·卷三》中从起源上对此说予以否认，其依据《周礼·春官·太卜》“太卜掌三《易》之法，一曰《连山》，二曰《归藏》，三曰《周易》，其经卦皆八，其别卦皆六十有四”，以为《周易》与《连山》《归藏》一样，原本就有八经卦、六十四别卦，无须伏羲画卦、文王重卦，故其认为画卦重卦之说“盖出于相传浮说，不可信”。
以自标新义、自创新说而著称的宋代学者，其怀疑步伐并未止于《周易》经、传的作者问题，他们还改动经传文字，而且对《周易》经、传的篇章次第进行了再审视，并编订了很多所谓的“古本《易》”。据王铁的《宋代易学》统计及宋人笔记所载，王洙、邵雍、吕大防、晁说之、薛季宣、程迥、吕祖谦、吴仁杰、周燔等人皆编订过所谓的古《周易》。
“古本《易》”的编订，是疑古思潮深化的必然结果，使宋代经学由“疑经”发展到“改经”，并波及其他儒家经典。另外，与《诗本义》几乎同时出现的苏辙的《诗集传》以“《诗》之《小序》反复繁重，类非一人之词，疑为毛公之学，卫宏之所集录”为由，主张“惟存其发端一言，而以下余文悉从删汰”（《四库全书总目》卷十五），即弃《序》言诗，突破了汉唐诗学的藩篱，也为宋代诗学研究开辟了新视角。其后，朱熹承袭了欧阳修、苏辙等人的疑古精神，除以吕祖谦的《古周易》为底本撰写《周易本义》而使经、传分离外，而且还尽废《诗序》，加剧了宋代《诗序》之争，同时也为宋代诗学研究注入了理学观念。总之，学者“改经”风靡一时，“毁《周礼》，疑《孟子》，讥《书》之《胤征》《顾命》，黜《诗》之《序》”（《困学纪闻》卷八），将疑经思潮推向极致。
宋代学者并不是纯粹疑经、改经，而是借此创建新的治经方法。在很多学者看来，既然包括《易传》《诗小序》等很多汉代以前的解经阐经之作，都存在这样那样的问题，那么汉唐之际的注解更是自不待言，在这种思维定式的影响下，他们自然认为汉唐传说必然有违经义，因此主张治经抛弃传说，独研义理，从而形成了风靡两宋、历经元明而不衰的宋学，革除了注疏之学的僵化之弊，为经学发展注入新风。然宋学重义理阐释而轻文字训诂，有空疏之嫌，因而在疑古大潮之中，亦有部分学者对儒家经典的文字讹误、脱衍、训诂及典章制度的考辨、历史事实与历史人物的考证等予以独特关注，又形成了历史考据的治经方法，给宋代学术带来少许厚重感。如洪迈的《容斋随笔》一书，或借他书所载，或据字形、字体，或文注互证，校勘经传之文二十处。虞翻释《坎》卦之上六爻“系用徽纆，寘于丛棘”时所说的“狱外种九棘”，后人多不解其意，洪迈据《周礼》《礼记》所载典章制度，疏证“九棘”的来龙去脉，言而有据，使人对虞氏之误了然于胸。
另一方面，亦有部分学者在否定孔子与《系辞传》关系的基础上，本之疑经，将怀疑精神引向以《系辞传》为主要立论基础所构建的程朱理学，进而架构新的理论体系对其予以反驳和挑战，从而使疑古思潮在两宋呈现出纵横交织的局面。如南宋永嘉事功学派的集大成者叶适，在继承欧阳修疑古思想和事功学派重要代表人物薛季宣“改经”传统的基础上，否定孔子与《易传》的著作关系，认为孔子不是“作”而是“述”《彖传》《象传》，这对以《易传》尤其是《系辞传》为主要理论依据的程朱理学的宇宙本体论和创化论而言，不亚于是釜底抽薪，动摇了其立论基础，也否定了其正统性；并以《彖传》《象传》为基点，依据张载的气论说，以孔子未言“太极”为由，提出了以“气”（“物”）为万物之源的本体论及“气”经阴阳交感而成万物的创化论，与理学家们以“理”为本、物生于“理”的本体论和创化论截然不同。正因叶适主张以“气”为本、“气”生万物的本体论和创化论，所以其认为《周易》通过对万物之“象”的模拟来体现其德行及安身立命之“理”，而且此“理”不能脱离“象”（“气”或“物”）而存在，因此认为只有将从宇宙万物中体认的“理”与万物相结合，才能检验“理”的正确与否，体现了其以“物”（“器”或“气”）为本、“物→理→物”的认知论和践行观，并基于孔子所述之《彖传》《象传》崇尚阳刚、强调自强不息等因子，形成了一套以事功为目的、以知行合一的修德观和践行观为主体内容的易学哲学体系，与当时内省尚虚、以“理”为本的程朱理学形成鲜明对比，并对后来王夫之等人的思想产生了重要影响。
宋代疑经思潮对两宋学术的发展打下了深深的烙印，在理学思想的世界中形成了关注社会现实、强调事功的事功学说，尽管仍未完全脱离程朱理学的窠臼，但在学说的贯彻途径和终极目标的实现上已与之有明显差异，对推动思想和学术的进步与社会的发展起到了积极作用。
