近半个世纪以来，国内外学者对肝癌的病因进行了广泛而深入的研究。目前我国肝癌的危险因素有以下几种：
1．病毒性肝炎
在已知的肝炎病毒中，除甲型肝炎病毒外，均与肝癌有关，但研究较多、且比较一致的看法是乙型肝炎病毒(HBV)及丙型肝炎病毒(HCV)与肝癌关系密切。乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒的持续感染导致慢性肝炎、肝硬变，部分病人在此基础上发生肝癌。乙型肝炎病毒（HBV）为发展中国家的主要病因，而丙型肝炎病毒（HCV）则为发达国家的主要病因。慢性HBV感染发生肝癌的危险性增高200倍。
2．进食黄曲霉菌及其霉素污染的食物
研究发现有10多种霉菌毒素能诱发动物不同器官的肿瘤。黄曲霉菌是几种有毒霉菌的一种，它的毒素B1（黄曲霉素B1，AFB1）对肝脏有强烈的毒性。大量调查研究发现，黄曲霉菌污染分布图与肝癌高发区地理分布几乎一致。含AFB1的食物被摄取后，经吸收到肝脏，引起肝细胞变性、坏死，继而诱发肝癌。黄曲霉毒素有很强的致肝癌作用，黄曲霉毒素B1对大鼠致肝癌作用比二甲基亚硝胺强75倍。用我国肝癌高发区被黄曲霉毒素污染的粮食喂饲实验动物，6个月后肝癌诱发率可达80%。黄曲霉毒素B1的摄入量与肝癌的死亡率呈正相关。此外，黄曲霉毒素B1与乙肝病毒还有协同致肝癌作用。
黄曲霉菌适宜于高温、高湿的气候环境中生长繁殖，尤其是夏季的霉变食物及谷物、饲料等，最易被黄曲霉菌污染而产生黄曲霉毒素B1，长期食用含此毒素的食物可诱发肝癌。易发生霉变的食物有大米、麦子、大豆、花生、玉米、菜籽油等。
3．水源污染
饮用水因某些化学致癌物质和某种水藻的污染与肝癌的发生也有关系。已发现污染的水中有百余种致癌或促癌物质。
饮用水特别是沟塘水常被有机致癌物（如六氯苯、苯并芘、多氯联苯等）污染。在肝癌高发区江苏启东，饮沟塘水的居民与饮井水的居民肝癌发病率有明显差别，饮用沟塘水居民肝癌发病率为60~100/10万，饮用井水或深井水者则低于20/10万。我国沟塘水中有一种蓝绿藻可产生藻类毒素-微囊藻毒素，已证明是一种强的促癌剂。
4．饮酒
流行病学调查表明长期大量饮酒与肝癌有关。饮酒对于肝癌的发生有显著而独立的作用，并呈显著的剂量效应关系。一般认为过量饮酒常通过脂肪肝、酒精性肝炎及肝硬变等步骤，最终导致肝癌。在酒精性肝硬变中有10%～30%发生肝癌。
欧美国家的肝癌多伴有酒精性肝病。研究显示，每天饮用超过80 g酒精且持续10年以上，患肝癌的危险比每天饮用小于80 g酒精高5倍。患有丙型肝炎的患者如果饮酒，患肝癌的危险是单独患丙型肝炎的2倍。
5．化学致癌物质
一些化学物质如亚硝胺类、偶氮芥类、酒精、有机氯农药等均是肝癌的致癌物质。其中以N－亚硝基化合物为主，动物实验中发现二甲基亚硝胺、3-硝基苯胺能诱导肝癌。
流行病学调查显示长期接触农药或杀虫剂的个体肝癌发生危险性明显增高。动物实验已经证实，一些剧毒农药如五氯(苯)酚、六氯苯能诱发肝癌形成。我国是一个农业大国，人们在使用农药或杀虫剂等有机溶剂时，应引起注意。
6．疾病因素
经研究发现，有些疾病能增加患肝癌的危险性，如糖尿病、食管静脉曲张、肝硬化、肥胖症、脂肪肝、遗传性血色病、遗传性毛细血管扩张症、α1—抗胰蛋白酶缺乏等。目前有关疾病因素致癌机制仍不清楚。
7．遗传因素
肝癌具有明显的家族聚集性和遗传易感性。与肝癌病例有血缘关系的家族中，出现肝癌的人数远超过无血缘者，其中近亲又高于远亲。一级亲属肝癌的发生率明显高于对照组（2倍）。
8．营养因素
研究发现，蔬菜、水果摄入能降低癌症的危险性。也有研究发现喝咖啡与肝癌发病率降低有关，并且存在剂量效应关系，常饮咖啡是肝癌的一个保护性因子。
专家认为硒是一种抑癌元素，硒可提高机体的免疫功能和解毒功能。硒的缺乏有助于肝癌的形成。
9．免疫状态
有人认为肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。现已证明，肝癌产生的甲胎蛋白（AFP）就有此作用。
10．其他因素
研究表明长期口服避孕药可增加肝腺瘤的危险，也可增加肝癌的危险。等等。
到目前为止，肝癌的病因还不很清楚。实际上，肝癌的发生是一个多因素、多步骤的复杂过程，众多危险因素在肝癌发生过程中先后或不同程度地发挥作用。我国目前肝癌的已知危险因素主要为乙型或丙型肝炎病毒感染、霉变食品中的黄曲霉毒素污染、饮水中的藻类毒素污染，根据我国国情提出的“改水防霉防肝炎”七字方针，已成为我国肝癌预防的一项重要措施，并已在肝癌高发区显示出明显作用。
